环境科学与工程系成立于1998年，开始招收环境科学本科生，2008年开始招收环境工程本科生，2000年成立教育部环境教育中心，2013年环境科学与工程获批甘肃省重点（培育）学科，同年获批金沙威尼斯欢乐娱人城“卓越工程师教育培养计划”，开始招收环境工程（卓越工程师班）本科专业。现有教授5名，副教授8名，讲师3名。其中海外经历人员3人，具有博士学位教师16人（含在读3人），硕士生导师25人（含兼职导师）。目前已建成1000多平方米的环境工程实验室，拥有先进的仪器设备，如：气相色谱仪、液气相色谱仪、原子吸收分光光度计、离子色谱仪、多色荧光实时定量PCR仪、付立叶红外光度计、紫外可见分光光度计以及TOC测定仪等，为教学和科研工作的开展奠定了良好的基础。
环境科学与工程系拥有环境科学与工程一级学科硕士点、环境工程专业硕士点、环境科学和环境工程（卓越工程师班）本科专业。已与甘肃省各市（州）环境监测站、兰州市疾病控制中心、兰州七里河-安宁废水处理厂等单位建立了本科生教学实践基地，与中石油兰州石化公司石油化工研究院、甘肃省出入境检验检疫局、甘肃省环境科学设计研究院和甘肃省疾病预防控制中心等十多个单位建立了研究生联合培养基地。目前，已形成五个特色鲜明、优势突出的研究方向：环境生态恢复与生态工程、环境化学、现代监测技术及废弃物资源化工程、环境规划与管理和环境污染综合防治规划。人才培养注重“厚基础、强实践、重创新、高素质”，以及校企、校局联合、校内整合，资源共享，优势互补和产、学、研相结合的模式，培养了一批国家急需的高级环保人才，已培养环境科学与工程类专业人才1000余人。
环境科学与工程系凝聚了一批年富力强的学科带头人和学术骨干，立足于生态脆弱的西北地区，研究解决该区域社会经济发展中出现的一系列环境问题。已主持和参与国家自然科学基金项目15项，省部级项目18项，其他各类地方及企业项目20余项，在国内外期刊发表高质量学术论文100余篇；获国家级、省部级和市级等奖励近10项。